Diese Form der Aquakultur findet in speziellen Becken an Land statt, die so konstruiert sind, dass sie ständig mit frischem Wasser aus Flüssen, Quellen oder Brunnen durchströmt werden. Das Wasser fließt kontinuierlich ein und wieder ab und erzeugt eine Strömung, die den natürlichen Lebensräumen vieler Fischarten ähnelt. So entstehen stabile und gut kontrollierbare Bedingungen für die Haltung und das Wachstum der Tiere. Typischerweise werden Forellen und Saiblinge in landgestützten Durchflussanlagen aufgezogen. Beide Arten benötigen kühles, sauerstoffreiches Wasser und profitieren von der konstanten Frischwasserzufuhr.

Durchflussanlagen finden sich vor allem in Regionen mit kühlen, klaren Gewässern und guter Wasserverfügbarkeit. In Europa sind sie besonders in den Alpenländern wie Österreich, der Schweiz und Süddeutschland verbreitet, darüber hinaus sind sie auch in Skandinavien und in Teilen Nordamerikas eine etablierte Form der Süßwasseraquakultur.